FREIE UNIVERSITÄT BERLIN Takustr. 6, Tel.: 8385 3460

Institut für Kristallographie Berlin, 15.12.2005

8. Übung zur Vorlesung

MOLECULAR MODELLING AN WORKSTATIONS
(Mathematik III für Chemiker)

(Luger, Strümpel, Dreißig, Scheins, Förster, Kalinowski)

Wintersemester 2005/2006

Swiss-PdbViewer

1. Ramachandran-Plots

   Laden Sie die Struktur 1NPO.pdb (Rasmol-Übung). Öffnen Sie das Ramachandran-Plot-Fenster und ermitteln Sie die Winkelverteilungen für Helix- und Faltblatt-Bereiche. Gibt es in der Struktur ein $\beta$-Faltblatt mit hairpin-Verbindung (nur eine Aminosäure zwischen zwei antiparallelen Faltblättern)?

2. Fitting

   Kopieren Sie die Struktur von glutamate mutase, die mit Cyanocobalamine (Vitamin B12) komplexiert ist (1CCW.pdb) sowie die Struktur des freien Vitamin B12 (/user/kali/public/b12.pdb) und vergleichen Sie durch Fitting die Strukturen der Cobalamine-Komplexe. Welche Aminosäure ist in 1CCW an Co gebunden?

3. Homologie (Pflicht!)

   Laden Sie die Strukturen des menschlichen (1JSF), dann des Truthahn-Lysozyms (135L) in den SwissPDB-Viewer. Stellen Sie durch Fitting mit Sequenz-Zuordnung und inverse Selektion fest, wie wir uns vom Truthahn unterscheiden (natürlich nur bezüglich des Lysozyms!).
   Geben Sie die Anzahl bzgl. 135L nicht-ähnlicher bzw. nicht-identischer Aminosäuren an!