FREIE UNIVERSITÄT BERLIN Takustr. 6, Tel.: 8385 3460

Institut für Kristallographie Berlin, 10.11.2005

3. Übung zur Vorlesung

MOLECULAR MODELLING AN WORKSTATIONS
(Mathematik III für Chemiker)

(Luger, Strümpel, Dreißig, Scheins, Förster, Kalinowski)

Wintersemester 2005/2006

SCHAKAL

SCHAKAL (Schattierte Kalotten) ist ein Programm zur Darstellung von Molekülen in verschiedenen Modellen, z.B. Kugel-Stab- oder Kalottenmodell. Es ist möglich die Strukturen zu drehen, Stereobilder anzufertigen und die Kristallpackung zu betrachten.

1. In /user/kali/public/schakal befinden sich einige Schakal-Files. Diese haben die Endung .sch. Kopieren Sie sich diese Files in Ihr SCHAKAL-Verzeichnis und starten Sie SCHAKAL mit dem Kommando s99.

2. Laden Sie die Datei c60crown.sch in einen Editor (Edit Inputfile). Sie enthält die Zellkonstanten und Atomkoordinaten von C60 und von einem Kronenether. Machen Sie daraus zwei Files; eines sollte die Daten von C60, das andere die des Kronenethers enthalten.

3. Stellen Sie die Strukturen von C60, dem Kronenether und den anderen Molekülen, die sie in Ihr Verzeichnis kopiert haben, mit SCHAKAL dar. Probieren Sie dabei die verschiedenen Darstellungsmöglichkeiten und Funktionen des Programms aus.

   Für das Codeinmolekül übertragen Sie bitte die Bildschirmdarstellung in eine Strukturformel in Keilstrichschreibweise. Wieviele Ringe enthält das Molekül? Versuchen Sie die Konformation dieser Ringe zu beschreiben.

4. Die Datei asp4.sch beinhaltet die Ergebnisse einer Röntgenstrukturanalyse an einem Asparaginsäurekristall. Die vier Moleküle sind in unterschiedliche Gruppen eingeteilt. Ändern Sie die Farben der einzelnen Moleküle ( gg1 steht für alle Atome der Gruppe 1 ). Im Kristall gibt es sowohl intra- als auch intermolekulare H-Brücken. Als Abstandskriterium für die H-Brückenbindungen O-H bzw. N-H gilt: 1.65 Å $<$ Abstand $<$ 2.3 Å. Zeichnen Sie diese Bindungen gestrichelt ein.