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Institut für Kristallographie Berlin, 26.01.2006

12. Übung zur Vorlesung

MOLECULAR MODELLING AN WORKSTATIONS
(Mathematik III für Chemiker)

(Luger, Strümpel, Dreißig, Scheins, Förster, Kalinowski)

Wintersemester 2005/2006

HYPERCHEM II - Pflicht

1. (1R,2S)-Dichloro-1,2-dihydroxyethan
   1. Erstellen Sie (1R,2S)-Dichloro-1,2-dihydroxyethan auf dem Bildschirm.
      
      

      Wählen Sie die Farbe 'violet' für die Chloratome und speichern Sie das Molekül unter dem Namen dichlor.hin ab.

   2. Definieren Sie die Bindung C-C als Drehachse, und beobachten Sie die Veränderung des Torsionswinkels $\tau$ = Cl-C-C-Cl. Für $\tau=0^\circ, 180^\circ$ ermitteln Sie die Energie des Moleküls.

   3. Führen Sie eine systematische Konformationsanalyse um die oben definierte Bindung durch. Plotten Sie ein Diagramm Energie versus $\tau$ = Cl-C-C-Cl.

   Abzugeben: Diagramm aus 1c), Zuordnung von Newman-Projektionen des Moleküls zu den Energiemaxima und -minima, Erklärung des Energieverlaufs anhand der Newman-Projektionen. Ein- bis zweiseitiges Protokoll als PDF oder PS bitte an kali@chemie.fu-berlin.de

2. Sucrose
   1. Lesen Sie das File SUCROS11.ML2 ein, speichern Sie die Struktur unter Eigene Dateien\mein_suc2.hin.

   2. Führen Sie eine zweidimensionale Konformationsanalyse um die glykosidische Bindung durch.

   3. Erstellen Sie einen Ramachandran-Plot der Struktur.

3. Überlagerung
   1. Holen Sie aus der Hyperchem-Datenbank eine $\alpha$-D-Glucose und eine $\beta$-D-Fructose. Verbinden Sie die beiden Strukturen über eine $1\rightarrow2$ glycosidische Bindung. Die vom Programm geforderten Torsionswinkel $\Phi=H1-C1-O1-C4$ und $\Psi=H4-C4-O1-C1$ entnehmen Sie bitte der in der letzten Übung erstellten Struktur suc_min.hin. $\omega$ ist für diese Aufgabe nicht relevant und braucht nicht definiert zu werden.

   2. Überlagern Sie das neu konstruierte Disaccharid mit der Sucrose aus
      suc_min.hin. Beobachten Sie die Unterschiede.