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Institut für Kristallographie Berlin, 19.01.2006

11. Übung zur Vorlesung

MOLECULAR MODELLING AN WORKSTATIONS
(Mathematik III für Chemiker)

(Luger, Strümpel, Dreißig, Scheins, Förster, Kalinowski)

Wintersemester 2005/2006

HYPERCHEM

1. Lesen Sie das File SUCROS11.ML2 ein. Notieren Sie die Geometrie um die glykosidische Bindung ( C1-O1-C4 ) durch die Bindungslängen C1-O1 und O1-C4, den Bindungswinkel C1-O1-C4 sowie die Torsionswinkel O9-C1-O1-C4 und C1-O1-C4-O4.

2. Speichern Sie die Struktur unter Eigene Dateien\mein_suc.hin.
   1. Berechnen Sie die Energie des Sucrosemoleküls - erst ohne Ladungen, dann mit Partialladungen an den Atomen. Notieren Sie die Ladungen an den Ringsauerstoffen und an O3.
   2. Berechnen Sie die Wasserstoffbrückenbindungen und beobachten Sie (durch Neuberechnung der Ladungen) die dadurch verursachten Änderungen an den Partialladungen. Berechnen Sie erneut die Energie des Moleküls. Notieren Sie die Längen der Wasserstoffbrückenbindungen H$\cdots$O und die Winkel O-H$\cdots$O.
   3. Führen Sie eine Minimierung der Energie (Geometrieoptimierung) durch und beobachten Sie die Veränderungen in den Geometrieparametern der glykosidischen Bindung und der Wasserstoffbrückenbindungen. Speichern Sie diese Struktur als suc_min.hin.

3. 1. Lesen Sie mein_suc.hin (file, merge) ein und ordnen Sie beide Moleküle am Bildschirm nebeneinander in ähnlicher Orientierung an.
   2. Überlagern Sie die zwei Strukturen.