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Institut für Kristallographie Berlin, 24.11.2005

5. Übung zur Vorlesung

MOLECULAR MODELLING AN WORKSTATIONS
(Mathematik III für Chemiker)

(Luger, Strümpel, Dreißig, Scheins, Förster, Kalinowski)

Wintersemester 2005/2006

Cambridge Structural Data Base

1. Ermitteln Sie alle Tripeptide, die als mittlere Aminosäure Tyrosin enthalten (Build Queries $\Rightarrow$ Peptide), deren Veröffentlichung nicht länger als 20 Jahre zurückliegt (Author/Journal $\Rightarrow$ Year), deren R-Faktor besser als 0.08 ist (Experimental $\Rightarrow$ R-Factor) und die 3D-Strukturdaten enthalten (Search $\Rightarrow$ 3D Coordinates). Bestimmen Sie interaktiv im ``3D Visualizer'' die Übereinstimmung der Torsionswinkel N-C-C-N im Tyrosin ( 3D Visualizer $\Rightarrow$ Measure $\Rightarrow$ Pick Torsion).

   
   

   

2. Das Adamantan-Molekül besteht aus drei verknüpften Cyclohexanringen.
   1. Finden Sie Strukturen, bei denen sämtliche sechs Brücken-Kohlenstoff-Atome $\star$C durch andere Atomsorten ersetzt sind. (Verwenden Sie Bonds $\Rightarrow$ Exclude $\Rightarrow$ Ring Closure und Bonds $\Rightarrow$ Exclude $\Rightarrow$ Direct Links, um größere Komplexe auszuschließen!)
   2. Stellen Sie fest, durch welche Atomsorten ein oder mehrere der sechs Brücken-C -Atome $\star$C ersetzt werden können.

   
   

   

3. Suchen Sie in der Datenbank nach dem Grundgerüst von Phenol. Veranlassen Sie die Berechnung und Speicherung des Winkels $\rm ^2C$-$\rm ^1C$-$\rm ^6C$ und der Bindung $\rm ^1C-O$. Um das Ergebnis überschaubar zu gestalten, sollten Sie folgende Eingrenzungen vornehmen:
   • nur R-Werte kleiner 0.05
   • es sollen keine schwereren Atome als Schwefel in der Reststruktur enthalten sein
   • genaue CC-Bindungen (Standardabweichung Sigma(C-C)$< 0.005$Å).

   Erstellen sie mit dem Programm Vista ein Scattergramm der beiden archivierten Strukturparameter. Untersuchen Sie die Strukturen mit kurzem Abstand/kleinem Winkel und versuchen sie mit Hilfe der Kenntnisse aus der organischen Chemie das Ergebnis zu interpretieren!